Il y a plusieurs différences. D'abord, l'Espace économique européen (EEE) a des caractéristiques supranationales et il est institutionnellement lié à l'UE. Par contre, les accords bilatéraux sont des accords traditionnels de droit international conclus entre deux parties. Par conséquent, en signant les accords bilatéraux la Suisse n'est pas obligée de prendre à son compte l'évolution future du droit européen. Deuxièmement, la portée matérielle de l'EEE est beaucoup plus grande, car les quatre libertés (circulation des marchandises, des personnes, des capitaux et des services) sont appliquées dans leur intégralité par les membres. Dans un certain sens, l'EEE représente donc un "menu" complet, alors que les accords bilatéraux seraient plutôt un "menu à la carte", car ils englobent sept thèmes parfaitement circonscrits.